Khai mạc MotoGP năm 2002, trong khi các tay đua khác gặp vài vấn đề về xe của mình, thì Rossi đã giành chiến thắng khi về nhất 8 vòng trong tổng số 9 vòng đua. Nâng tổng số lần chiến thắng cho Honda lên 11 lần.

Điều tương tự cũng xảy ra vào năm 2003, Rossi giành 9 pole và tổng số lần chiến thắng của anh tại MotoGP là 9 lần.

Tay đua người Australia là Philip Island từng nhận xét "Rossi xứng đáng trở thành tay đua cự phách nhất trong lịch sử đua xe MotoGP, khi anh về trước tay đua lừng lẫy của đội Ducati là Troy Bayliss tới 10 giây".

Năm 2004-2005, Rossi lại một lần nữa bỏ xa Troy Bayliss, và giành chiến thắng chung cuộc tuyệt đối, giúp Honda lên đỉnh vinh quang.